В любом общеобразовательном учреждении преподавателями физики и математики может быть организован физико-математический кружок (факультатив) Заочной физико-технической школы при МФТИ. Руководители кружков в течение учебного года получают все учебно-методические материалы ЗФТШ: программы по физике и математике, задания по темам программы, а также решения заданий с соответствующими методическими указаниями и краткими рекомендациями по оценке работ учащихся, информационно-рекламные материалы (газеты МФТИ «За науку», проспекты МФТИ и его факультетов с правилами приема и т.п.). Для учащихся Москвы и Московской области по программе ЗФТШ работают вечерние консультативные пункты. Для учащихся Украины работает Киевский филиал ЗФТШ. Следует особо отметить, что обучение в ЗФТШ до сих пор бесплатное.

Для организации кружка необходимо от имени директора общеобразовательного учреждения сообщить в ЗФТШ фамилии, имена, отечества ее руководителей и список обучающихся (Ф.И.О. полностью с указанием класса текущего учебного года и итоговых оценок за вступительное задание по физике и математике). Все эти материалы и конверт с марками для ответа о приеме в ЗФТШ с обратным адресом на имя одного из руководителей следует выслать до 25 мая текущего года по адресу: 141700, г. Долгопрудный Московской области, Институтский пер., 9, МФТИ, ЗФТШ (с указанием «Факультатив»).

Работы учащихся проверяют и оценивают руководители факультативов, а в ЗФТШ ими высылаются ведомости с итоговыми оценками по каждому заданию. Работа руководителей факультативов может оплачиваться общеобразовательным учреждением по представлению ЗФТШ при МФТИ как факультативные занятия.

Всего в системе очно-заочного образования МФТИ ежегодно участвует 750-800 кружков и факультативов в которых обучается в настоящее время около 10000 школьников.